sshのバージョンが変わったのか設定が変わったのかまでは調べてませんが、
次の設定を追加して無事完了です。
.ssh/config
AddKeysToAgent yesいつもクリーンインストールしてますが、今回はこのまま次のバージョンまで使うかな。
追記
ssh -V OpenSSH_7.2p2, LibreSSL 2.4.1バージョンを確認したところ7.2だったので、おそらくこのバージョンからのオプション(新機能)が必要になったようです。
http://www.openssh.com/txt/release-7.2
New Features ------------ * ssh(1): Add an AddKeysToAgent client option which can be set to 'yes', 'no', 'ask', or 'confirm', and defaults to 'no'. When enabled, a private key that is used during authentication will be added to ssh-agent if it is running (with confirmation enabled if set to 'confirm').ただの新機能あるあるでした。失礼いたしました。